Lecture, écriture d’un fichier MED grâce à l’API basique de MEDLoader

L’API basique de MEDLoader est contenue dans la classe MEDLoader. Toutes les méthodes de cette classe sont statiques (elles ne dépendent pas d’une instance particulière de la classe), leurs noms commencent par une majuscule. L’ensemble des lectures/écritures sont exécutées à chaque appel de méthode et aucun état interne à la classe n’est enregistré.

Objectif

Ecrire un maillage et un champ à partir de rien, les relire et comparer les résultats.

Points abordés: en utilisant l’API basique de MEDLoader

• Ecrire un fichier
• Lire un fichier

Début d’implémentation

Cet exercice repose comme tous les autres sur le language de script Python. On charge le module Python MEDLoader.

Pour information, le module MEDCoupling complet est inclus dans MEDLoader. Pas besoin de l’importer si MEDLoader a été chargé.

import MEDLoader as ml

Lecture, écriture d’un maillage

Tout d’abord créons un maillage targetMesh composé de plusieurs types géométriques.

targetCoords = [-0.3,-0.3, 0.2,-0.3, 0.7,-0.3, -0.3,0.2, 0.2,0.2, 0.7,0.2, -0.3,0.7, 0.2,0.7, 0.7,0.7 ]
targetConn = [0,3,4,1, 1,4,2, 4,5,2, 6,7,4,3, 7,8,5,4]
targetMesh = ml.MEDCouplingUMesh("MyMesh",2)
targetMesh.allocateCells(5)
targetMesh.insertNextCell(ml.NORM_TRI3,3,targetConn[4:7])
targetMesh.insertNextCell(ml.NORM_TRI3,3,targetConn[7:10])
targetMesh.insertNextCell(ml.NORM_QUAD4,4,targetConn[0:4])
targetMesh.insertNextCell(ml.NORM_QUAD4,4,targetConn[10:14])
targetMesh.insertNextCell(ml.NORM_QUAD4,4,targetConn[14:18])
myCoords = ml.DataArrayDouble(targetCoords,9,2)
myCoords.setInfoOnComponents(["X [km]","YY [mm]"])
targetMesh.setCoords(myCoords)

Note

Le maillage targetMesh est ordonné par type géométrique.

Le maillage peut alors directement être écrit ...

ml.WriteUMesh("TargetMesh.med",targetMesh,True)  # True means 'from scratch'

... et relu.

meshRead = ml.ReadUMeshFromFile("TargetMesh.med",targetMesh.getName(),0)
print "Is the read mesh equal to 'targetMesh' ?", meshRead.isEqual(targetMesh,1e-12)

Lire/Ecrire un champ sur un pas de temps

Nous créons maintenant un champ de vecteurs f aux cellules (P0) avec targetMesh comme support. Ce champ correspond par exemple au temps physique 5.6, repéré par l’itération 7 et la sous-itération 8. Nous en profitons pour rappeler que dans les champs MEDCoupling, le temps physique est donné pour information seulement, le stockage et la plupart des fonctions de l’API se basent sur les deux derniers entiers.

f = ml.MEDCouplingFieldDouble.New(ml.ON_CELLS, ml.ONE_TIME)
f.setTime(5.6,7,8)                              # Declare the timestep associated to the field
f.setArray(targetMesh.computeCellCenterOfMass())
f.setMesh(targetMesh)
f.setName("AFieldName")
ml.WriteField("MyFirstField.med",f,True)

Question subsidiaire : à quoi correspond le champ ainsi créé ?

Note

Le maillage et le champ sont écrits d’un seul coup dans le fichier “MyFirstField.med”.

Nous relisons ensuite MyFirstField.med :

f2 = ml.ReadFieldCell("MyFirstField.med", f.getMesh().getName(), 0, f.getName(), 7, 8)
print "Is the read field identical to 'f' ?", f2.isEqual(f,1e-12,1e-12)

Note

Lors de la lecture du champ, on doit donc connaître: son nom, le nom de sa mesh de support et le pas de temps voulu. Des fonctions du type MEDFileFields.getFieldsNames() ou encore MEDFileMeshes.getMeshesNames() aident à cela.

Note

Le nom ReadFieldCell() rappelle que le champ doit être lu aux cellules. Souvenez-vous que suivant la norme MED fichier, un même champ peut avoir une partie de ses données stockées aux cellules, mais aussi simultanément aux noeuds, aux points de Gauss, etc ... même si ce genre de mélange exotique n’est généralement pas conseillé.

Lire/Ecrire un champ sur plusieurs pas de temps

Ici contrairement au cas précédent, nous écrivons en plusieurs fois dans le même fichier MED. Ecrivons tout d’abord le maillage.

ml.WriteUMesh("MySecondField.med",f.getMesh(),True)

Ensuite, nous écrivons seulement les informations relatives au champ (principalement son tableau de valeurs en fait ).

ml.WriteFieldUsingAlreadyWrittenMesh("MySecondField.med",f)   # mesh is not re-written

Nous rajoutons ensuite un second pas de temps sur le même maillage.

f2 = f.clone(True)         # 'True' means that we need a deep copy
f2.getArray()[:] = 2.0
f2.setTime(7.8,9,10)
ml.WriteFieldUsingAlreadyWrittenMesh("MySecondField.med",f2)

Maintenant le fichier “MySecondField.med” contient le maillage et un champ à deux pas de temps porté par ce maillage.

Nous pouvons relire tout cela avec des méthodes similaires à ce qui a été vu précédemment :

f3 = ml.ReadFieldCell("MySecondField.med",f.getMesh().getName(),0,f.getName(),7,8)
print "Is the field read in file equals to 'f' ?", f.isEqual(f3,1e-12,1e-12)
f4 = ml.ReadFieldCell("MySecondField.med",f.getMesh().getName(),0,f.getName(),9,10)
print "Is the field read in file equals to 'f2' ?", f2.isEqual(f4,1e-12,1e-12)

Solution

Reading, Writing a MED file using MEDLoader basic API